Pues no sera así, magia no es, yo me hice un run de 0 el otro día, y me saltó, es más, me salto justo cuando hice el último, el de Big Boss saludando. Si no te sale, pues lo único que se me ocurre es que hagas una partida nueva de 0, (no una plus), y lo intentes de nuevo.
P.D: Aunque te lo hayan dicho ya muchas veces, el apartado de esta guía donde van diciendo y explicando uno a uno los flashbacks, (por escrito, la imagen esa que salen 10 flashbacks es una mierda), es 100% eficiente; independientemente de que estuve dándole a la X durante todas las escenas, iba mirando como referencia dicha guía, y tachando cada flashback. Prueba a ver así. Si eso no funciona ya lo único que se me ocurre es decirte que desinstales todos los datos del juego del HDD de la Ps3, y lo reinstales todo de 0 con instalación acumulativa, por si acaso.
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Por cierto, a modo de anécdota, acabo de completar el juego de nuevo, y me sale que tengo 70 tipos de armas; ¿no era 69 el max? xDD