@Lordviron
Realmente para poder hacer todas, todas las misiones, tienes que haber terminado el juego antes. Sabrás que estás al final del juego porque te dan un aviso, además de ser un lugar muy fácilmente reconocible. Guarda la partida ahí, terminas el juego y la partida se modifica para indicar que has terminado el juego.
Los enemigos no se hacen más fuertes, no te preocupes. Lo de la Forma Final, mejor con la llave espada Dos Serán Uno creo que era, ya deberías de tenerla (es la que recibes al derrotar al jefe al pie del rascacielos del Mundo Inexistente) y usando la Maestra hasta que salga. Pero por lo que dices, igual es que no has avanzado lo suficiente... así que sigue jugando.
Por darte más detalles sobre el punto de no retorno, hay un punto en el Mundo Inexistente donde luchas contra Saïx y Luxord, ahí se puede salvar. Pues puedes seguir jugando sin miedo hasta el siguiente punto de guardado, que será el último.
