No se si es una solución pero cuando a mi me ha pasado eso he encontrado como "solucionarlo".
Por ejemplo, a mi me faltaba solo 1 archivo de información en la primera misión, y lo cogía guardaba y tal pero no se guardaba el que había cogido.. Entonces fui a terminar la misión pero siguiendo el video de los coleccionables, como si me faltarán más y para mi sorpresa había otro simbolo de coleccionables más adelante.
Lo que creo que pasa es que a veces aparece el símbolo de un coleccionable que ya has cogido.. Y si avanzas mirando la guía, aunque pienses que los tienes todos te saldrán más.
No se si me explico, es como si los iconos de los coleccionables de información que aparecen en el mapa estuvieran bugueados sabes?
Y a mi me aparecía uno, pero al avanzar me aparecía el siguiente también (cuando en las estadísticas solo me quedaba 1 en vez de dos), es como si saliera el símbolo de que te falta ese en concreto, pero ese ya lo tienes, sabes?
Lo que a mi me ha servido es, que aunque cojas los coleccionables que te faltan, sigas buscando los demás del nivel, con la guía, porque puede que tu crees que has cogido el que te falta (porque aparecía el simbolo) pero ese ya lo tienes y el que te falta esta más adelante, pero como guardas porque piensas que el que te falta ya lo tienes en las estadísticas te sigue diciendo que te falta uno porque en realidad no has cogido el que te falta y si uno que ya tenias.
No se si me explico xd