Cuando a la tripulación de la nave Enterprise le ordenan que regrese a casa, descubren una imparable y terrorífica fuerza que, desde dentro de su organización, ha hecho saltar por los aires la flota y todo lo que esta representa, sumiendo al mundo en una profunda crisis.
Con un asunto personal que resolver, el capitán Kirk encabeza una incursión a un planeta en guerra para capturar a un hombre que es un arma de destrucción masiva.
A medida que nuestros héroes se van sumergiendo en una épica partida de ajedrez a vida o muerte, el amor se verá puesto a prueba, las amistades se romperán, y habrá que hacer ciertos sacrificios por la única familia que le queda a Kirk: su tripulación.
Comienza con un regreso a casa, cuando la Enterprise regresa a la Tierra como consecuencia de un controvertido incidente galáctico, con su intrépido capitán aún deseando volver a las estrellas en una misión de paz y exploración más larga. Pero no todo va bien en el Planeta Azul. Un devastador atentado terrorista ha puesto de manifiesto una alarmante realidad: la Flota Estelar está siendo atacada desde dentro, y las consecuencias van a sumir al mundo entero en una grave crisis. El capitán Kirk dirige a la nave Enterprise en una misión sin parangón, y que les lleva desde el planeta de los Klingon hasta la bahía de San Francisco. A bordo de la nave, el enemigo infiltrado entre ellos posee un impresionante talento para la destrucción. Kirk les guiará hasta un mundo difuso lleno de dudas y espejismos donde nunca antes habían estado, moviéndose por la delgada línea que separa al amigo del enemigo, a la venganza de la justicia, a la guerra sin cuartel y el infinito potencial de un futuro en común.