Prueba con asesinatos sigilosos, si no son así, prueba en una pelea, prueba también con la espada, las dagas, el hacha.... a mí también me costó, pero lo conseguí.
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También me ha pasado lo mismo, luego al hacer otra, ya me contabilizó el porcentaje, sólo me faltaba una y estaba en boston central, cerca de la jefatura de puerto.
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@sepi_fer la única suerte que tengo en el juego fue conseguir el 100% en la última miisión naval para el trofeo completista, se acabó la suerte por un tiempo xD.