En el cooperativo tras completar una misión en una dificultad por primera vez te dan puntos de aplicación (3 en Normal, 4 en Difícil y 5 en Experto). Pues bien, esos puntos que dan son los justos para desbloquear todas las mejoras de las aplicaciones, a diferencia de las armas, que nos irán dando puntos regularmente.
La falla o bug viene con que a veces al usar los puntos para desbloquear una mejora de aplicación no se guarda bien y nos quedamos sin puntos además de sin la mejora desbloqueada, con lo que no podríamos conseguir el trofeo "Director Ejecutivo" que pide el 100% de finalización.
Por suerte, hay otro bug que podemos usar a nuestro favor y es que a veces al terminar una misión nos da los puntos de aplicación, pero no queda registrada como completada (se puede mirar revisando si nos han añadido una estrella en esa misión al terminarla). Esto es bueno porque nos permite completar de nuevo la misión y sacar otra vez sus puntos de aplicación, lo cual nos permite estar más protegidos frente al error comentado en el párrafo anterior. En mi experiencia personal diría que es más fácil que esto suceda jugando en públicas que en privadas.
A mí me pasó esto y pude repararlo gracias a lo comentado anteriormente. Espero que se haya entendido y esto está explicado más a fondo en foros en inglés como psnprofiles y playstationtrophies.