Si recuerdo bien tienes que hacerlo de una manera especifica, sino te cuenta es porque no lo estas haciendo bien, solo haz las dos que te faltan y deberian de contar, hay muchos videos explicando como y donde debes de pararte para que te cuente.
Las monedas estan por todo el juego, el problema es que no estan en el mapa, me paso lo mismo y pense que tendria que repetir el juego pero encontre un video donde mostraba la ubicacion de todas las monedas, te lo pasaria pero ya no lo tengo, aunque recuerdo que en las tumbas hay monedas asi como en criptas y cuevas, recuerdo una donde tienes una lancha y tienes que bajar el agua y al final hay un montoncito de monedas, disculpa si no soy de mucha ayuda pero lo pase hace tiempo.
Edit. Buscando encontre este video, aqui esta lo que te mencione: