Como te decía en el hilo de BF3, que se cargue por USB no quiere decir que el sonido vaya por ahí. ¿Mientras se carga y está puesto en la base lo puedes usar? De ser así, supongo que debe llevar algún altavoz para poderlo usar sin tenerlo en la oreja. En ese caso lo podrías usar para el PC de ese modo. Sino, puedes comprar un bluetooth USB para ponerlo en una de las entradas de tu PC y así poderlo usar. Te va a costar prácticamente lo mismo que comprarte un auricular de los que te he puesto en el hilo, y así te evitas tener más cacharros.
Yo no he jugado al BF3 usando a la vez Skype, pero sí que he usado Skype y se oye genial. No ocupa mucho ancho de banda de tu señal de internet, por lo que no te debería dar problemas a la hora de jugar online al mismo tiempo.