Si tienes el juego en fisico, basta con que lo borres, lo reinstales y canceles el archivo de actualizacion.
Si es digital, tienes que hacer una "movida" bastante gorda con programas, proxys y cosas del estilo, que es bastante engorroso. Te dejo un enlace en ingles porque yo no he llegado a hacerlo nunca, asi que no sabria explicartelo:
https://forum.psnprofiles.com/topic/67810-guide-how-to-get-100-digital-games/
Ten en cuenta que en la 1.00 tambien hay trofeos con riesgo de bug, asi que aun sin actualizaciones, es posible que algunos de los trofeos no te salten.
La otra opcion que tienes para que te salten, es borrar los datos, empezar una partida nueva y jugar sin apagar la consola, ni salirte del juuego en ningun momento. Esta es la unica solucion que esta comprobado que funciona para que salten los trofeos.