@Sr. Luna
Tapadera Subterránea y El Fulgor de los Cohetes, si no hiciste El Nivel Molecular de parte de El Ferrocarril ya los has perdido (Tapadera seguro, El Fulgor de los Cohetes no lo tengo claro). Imagino por lo que dices que estás en la misión Mass Fusion. En principio, según ha comentado un usuario es posible hacer las que te quedan de la Hermandad (Traición Ciega, Ad Victoriam) si te pones de su parte ahora, aunque personalmente no puedo decirlo (yo no encontré manera). Para A toda potencia y Familia Nuclear basta con seguir de parte del Instituto.
Así que, siempre desde el punto de vista teórico (no puedo confirmarlo, porque no pude reproducir la situación que se comentó de hacer las misiones de la Hermandad desde ese punto), podrías hacer un guardado manual ahora, ponerte de parte del Instituto, hacer todas sus misiones, cargar el save y hacer lo propio con la Hermandad.
Si tienes algún save anterior, te recomendaría echar un ojo a esto:
http://www.laps4.com/foro/19_guias_tutoriales/424496-guia_fallout_4.html