Kazuma y Haruka, tras romper sus lazos con el mundo de Yakuza, han abandonado Kamurocho en busca de una vida nueva en Okinawa, donde dirigen un orfanato para niños. Sin embargo, su vida pacífica se ve interrumpida muy pronto cuando se desarrollan una serie de acontecimientos que hacen que Kazuma vuelva al pasado oscuro que creía haber dejado atrás para proteger a los que ama.
Con su primera aparición en exclusiva para la consola PlayStation 3, la intensa historia y el mundo vibrante de Yakuza 3 hace que los jugadores se involucren en enfrentamientos brutales e intensos por las calles de Okinawa y de la vibrante y, a menudo, peligrosa Tokio, donde solo el más fuerte sobrevivirá.