Ubicado en medio del desolador paisaje que se muestra en Toukiden 2, el aparentemente tranquilo pueblo de Mahoroba está desgarrado por un conflicto interno. A pesar de recibir la tarea de proteger a Kagura, la Sacerdotisa del Templo, los dos clanes rivales de la ciudad – los Samuráis y la Guardia Imperial – luchan entre sí por imponer su dominio, comprometiendo la seguridad y el futuro del santuario. En un esfuerzo por desactivar la tensión creciente, el Monte Sagrado ha enviado a su propia fuerza de Slayers, pero su presencia aparenta ser más una amenaza que una camino hacia una solución pacífica.
Forzados a afrontar tantos los conflictos externos como internos, los jugadores pondrán a prueba sus habilidades para la batalla y visión estratégica.