Basado en la novela, el manga y el anime homónimos, el juego presenta a los personajes y la historia del universo SAO, la cual se desarrolla en un futuro cercano a través de una serie de mundos de realidad virtual. Los jugadores se adentrarán en dichos mundos virtuales de SAO y descubrirán que Akihiko Kayaba, el creador del juego, los ha encerrado dentro.