La historia del juego se centra en el último intento de Kaos por gobernar Skylands. En sus esfuerzos por derrotar a los Skylanders, Kaos desata su arma más siniestra, la “Doomstation of Ultimate Doomstruction”, ¡capaz de tragarse al mismísimo cielo! Afortunadamente, el Maestro Eon ha sido capaz de detectar las señales de alarma y ha reunido a un equipo especial de Skylanders para pilotar una flota invencible de vehículos por tierra, mar y aire, con poder para viajar a través del reinado de destrucción de Kaos.