Puzzle Chronicles ha sido desarrollado por el estudio Infinite Interactive, reconocido por sus títulos de puzzles, y está basado en la asociación de gemas de colores con temas de juegos de rol y sus argumentos, permitiendo a los usuarios mejorar su personaje según avance en los diversos retos del puzzle, y derrotar a los enemigos a los que se enfrentaran durante el transcurso de la aventura.
Puzzle Chronicles se desarrolla en las salvajes tierras del imperio de Asharin, donde un rey déspota se ha apoderado de tus compatriotas, y su secuestro debe ser vengado. Para derrocar al monarca corrupto, los jugadores deben hacer de su personaje un gran guerrero capaz de derrocar el Imperio a través de una serie de desafíos, que se superarán mediante los diferentes puzzles.
La pantalla principal del juego se divide en dos áreas distintas, una con una franja de gemas de colores que caen en el lado de la pantalla del jugador y la de su rival. Las gemas de colores que se han retirado del juego son activadas, desencadenado episodios específicos y ataques físicos contra el enemigo, o la apertura de los objetos de uso en la búsqueda. Cada adversario sin embargo tiene habilidades específicas desde magias a objetos para el combate, los cuales obligan al jugador a variar su juego según los vaya consiguiendo.
Las batallas se ganan cuando la energía del adversario se agota y el vencedor es recompensado con los puntos de experiencia y las habilidades clave. Con el uso de estos, los jugadores pueden mejorar su personaje con nuevas armas y mejores armaduras, que serán necesarias para luchar contra los grandes enemigos del juego. Además de la cría y el cuidado de mascotas para luchar a su lado. También habrá consejos sobre la situación de tesoros y piezas únicas, que pueden usarse para derrotar a los enemigos finales, y que serán de gran utilidad a lo largo del juego.
Puzzle Chronicles cuenta además con una serie de subniveles y misiones secundarias para que el jugador explore mazmorras por explorar, y una gran variedad de objetos especiales mágicos ocultos. Todo esto se suma al alto valor de rejugabilidad del título.