El protagonista del juego de «Prison Break» es el agente Tom Paxton, destinado a la penitenciaría estatal de Fox River para investigar por qué Michael Scofield (el héroe de la serie de televisión), un hombre sin antecedentes penales, se ha convertido en ladrón de bancos. La historia se desarrolla al mismo tiempo que la primera temporada de «Prison Break»: Paxton conocerá a varios personajes de la serie y vivirá momentos clave desde su propio punto de vista.
La aventura de acción de «Prison Break» conserva todos los rasgos distintivos de esta galardonada serie de televisión: una historia convincente, personajes inconfundibles y acción a raudales. Gracias a sus habilidades para escalar y moverse con sigilo, Paxton explora numerosos escenarios de la serie, recreados con todo lujo de detalles.