Freedom Wars está ambientado la Tierra, en el año 102013. La superficie mundial está en ruinas y no es capaz de soportar la vida. Por ello, los seres humanos viven en ciudades subterráneas llamadas «Panopticons», donde se esfuerzan por investigar cómo volver a vivir en la superficie de nuevo. Debido a la superpoblación, cualquier persona detenida por cualquier delito es hallada culpable y obligada a luchar contra monstruos gigantes denominados «Abductors».