Marvel VS Capcom Origins ofrece tanto el estilo de juego uno contra uno de Marvel Super Heroes con su sistema único de Gemas Infinitas y las competidas peleas dos contra dos del original Marvel vs. Capcom: Clash of Super Heroes, con su mecánica de intercambios (tag system), las ayudas y el salvaje Ataque en Dúos por Equipos. El juego incluye un amplio elenco de características jamás vistas en estos juegos, ya que Marvel VS Capcom Origins añadirá el sistema de juego online ampliado GGPO para hasta 8 jugadores y el modo espectador, actualizaciones gráficas en Alta Resolución, desafíos dinámicos y repeticiones salvadas.