Antes de que el propio universo y el tiempo fueran creados, los 12 dioses de la luz y la oscuridad ya existían. Ellos crearon el mundo de Agarest, en el que diversas razas convivieron en paz y armonía, entre ellos los humanos y los elfos. Pero la oscuridad no tardó en hacer su aparición y el mundo se sumió en una cruel guerra.
No sólo el mundo se vio sumergido en guerra. Los propios dioses se enfrentaron entre ellos, divididos entre la luz y la oscuridad. Cuando la guerra llego a su fin, el mundo de Agarest quedó completamente devastado y sin vida. Entristecidos, los dioses lloraron y decidieron sacrificarse como acto último de redención y creación para así devolver la vida al mundo.
Pasaron varios milenios y la existencia de los ya perecidos dioses fue olvidada con las nuevas generaciones, convirtiéndose en un mito. Pero, de nuevo, la oscuridad vuelve a surgir de entre las sombras amenazando al mundo de Agarest y trayendo la guerra y la desesperanza consigo.
En un mundo a punto de sumirse de nuevo en el apocalipsis, el joven guerrero Leonhardt se convierte en la última esperanza de Agarest y el jugador deberá decidir si lucha por la luz o la oscuridad.