El programa que te pone verta es bastante útil y sencillo de utilizar.
Ahora bien, como quieras una calidad y opciones más profesionales yo te recomendaría el Adobe Premiere Pro 2.0. Solo tienes que ver que ese programa tarda unos 10min en transformar el formato de archivo. El premier le da tantos pasos para evitar perder calidad que se te puede pegar fácil 2horas.
Que no se te vean archivos de vídeo en la Ps3, tiene que ser casos muy concretos. ¿Has probado a darle la opción de mostrar todo con el triángulo?