Segun información de microsoft para desactivar el WFP debemos tener un depurador de kernel conectado al ordenador via cable modem-nulo y modificar la clave 'SFCDisable' en la ruta:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon.
Por defecto esta a '0' (activado), si la ponemos a '1' desactivaremos el WFP y si la ponemos a '2' lo desactivará solo para el siguiente reinicio (sin mostrar una pantalla para re-activarlo).
Si desactivamos el WFP modificando 'SFCDisable' a '1', en el siguiente arranque del sistema como Administrador se nos mostrará la siguiente pantalla:
Warning! Windows File Protection is not active on this system. Would you like to enable Windows File Protection now? This will enable Windows File Protection until the next system restart. Yes / No.
Si se pulsa 'Yes' WFP estara activo hasta el siguiente aranque, WFP seguira preguntando lo mismo al usuario hasta que la clave 'SFCDisable' vuelva a situarse a '0'.
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http://www.forospyware.com/t138874.html
Saludos