se me ocurre desactivar el resto de unidades en la bios en la "boot sequence" (o como se escriba).
Quiero decir, algunas placas creo que dan la opcion de poner, por ejemplo:
First device: CDROM
SECOND device: none
third device: none
asi quizá bootee desde el cd si o si, aunque no estoy muy seguro... voy a probar ^^
EDITO: Si lo que quieres es formatear, un cd de windows te pide la chorrada esa de pulsar cualquier tecla, pero un livecd de linux no, se carga directametne, y con gparted puedes formatear, crear particiones... aunque vas a tener el mismo problema a la hora de instalar... no se, voy a probar lo que te dije antes, ahora te comento