lo que quieres hacer es paricionarlo, verdad??
yo lo hago simplemente con el cd de windows xp , o el mismo cd de linux. Le das a seleccion de instalación manual y hay te viene una herramienta para las particiones. Tu seleecionas el espacio para linux y para windows. Pero también hay muchos programas para hacerlo desde windows , pero es mejor formatear de 0.
Slo tienes que saber que windows usa particion tipo NTFS. Y linux no me acuerdo muy bien pero creo que es ext3 , ademas debes dejar un esapacio de intercambio Swap. Ojo , linux debe de ir al principio del disco duro.