@skratch , las misiones secundarias amarillas son de "una y no mas". En cuanto las completas ya no puedes repetirlas.
El tema de los recursos ya es otro cantar. No hay trucos pero hay distintas formas, como recoger los contenedores rojos (que son los que mas recursos en bruto ofrecen) y mejorar la unidad de desarrollo de la base para que produzca y procese materiales. Cuanto mayor nivel tenga esta unidad, mas recursos obtendrá (de 6000 a 10000 diarios según el nivel) y mas rápido los procesará (de 60 a 10 minutos). Sin embargo, la mejor opción para esto es el metajuego de las POA y el tiempo.
Te explico. Las POA funcionan en tiempo real y siguen acumulando recursos y dinero aunque dejes de jugar. La zona inicial que te dan no es gran cosa en lo que a recursos básicos se refiere (combustible, biológicos, etc...), pero hay una zona en el atlántico norte donde si consigues ahorrar las monedas necesarias para trasladar (o incluso comprar) una POA te va a solucionar el resto del juego. Después solo tienes que dejar el juego unos días y el solito ira acumulando para cuando te conectes, y ten en cuenta que tanto la base como las POA's comparten el mismo nivel por lo que cuantas mas plataformas construyas, mas fácil te será aumentar el mismo.
Con respecto a los robos, este juego tiene un sistema muy parecido a Dark Souls. Si no respondes a los ataques y dejas de invadir, el servidor de Konami te va bajando de la lista de objetivos y al final te atacan de trancas a barrancas. También puedes ganar unos cuantos puntos de defensa aumentando el nivel del equipo de inteligencia.
Resumiendo. Que para conseguir recursos rápido tienes que pensar en inversiones a largo plazo.