Aviso: este artículo cuenta lo mejor posible toda la historia de la saga hasta MGS4, por tanto contiene spoilers de todas las entregas.
Principios del Siglo XX – El Comité de los Sabios se reúne por primera vez, a partir de ahora se conocerán comúnmente por el nombre de “Los Filósofos”.
1914 a 1918 – El mundo entero vive su primera y horrible Primera Guerra Mundial, el bando de los Aliados (Francia, Inglaterra, Canadá, Bélgica, entre otros muchos países) contra las Potencias Centrales (Imperio Austrohúngaro, Bulgaria, Imperio Alemán e Imperio Otomano).
1919 a 1938 – Periodo relativamente tranquilo en el cual nacen algunos personajes de la saga, tales como Eva o Para-Medic.
1939 a 1945 – Estalla la Segunda Guerra Mundial, otra vez el bando Aliado (Francia, China, Polonia, Inglaterra…) contra Japón, Italia y la Alemania Nazi. En 1945 esta guerra deja miles y miles de muertos alrededor de todo el mundo, y para más inri empieza la famosa Guerra Fría. La Organización del Tratado del Atlántico Norte (OTAN) formado por países aliados de la Primera y Segunda Guerra Mundial, EEUU, etc. se enfrenta al Pacto de Varsovia(URSS, Polonia, Bulgaria…). 3 años antes, en 1942 el abuelo de Otacon participaría en el Proyecto Manhattan donde se creó por primera vez una bomba atómica, y fue también en este mismo año el cual se fundó la Unidad Cobra a petición de los propios filósofos.
La Unidad Cobra se compone por 6 miembros: The Pain, The Fear, The End, The Sorrow, The Fury y The Boss (también conocida como The Joy, creadora de dicha unidad, además de ser una de las hijas de un miembro de Los Filósofos).
En 1944 The Joy y The Sorrow son padres, y nace Ocelot que primeramente Los Filósofos se quedarán con su potestad. Un año más tarde finalizará la Segunda Guerra Mundial, se realizará la primera prueba nuclear y nacerá el padre de Otacon (al parecer en esta familia siempre viene ligada con los peores episodios de la historia). Además, una vez finalizada la trágica guerra y dos años más tarde (1947), la Unidad Cobra se disuelve y cada miembro vuelve a sus raíces.
1950 a 1953 – Empieza la Guerra de Korea en 1950 y acabará 3 años más tarde. En esta etapa, un desconocido llamado Jack pasa a ser súbdito de The Boss.
1957 a 1959– La Unión Soviética (URSS) lanza el Sputnik I, famoso por ser el primer satélite artificial de la historia. EEUU no iba a ser menos y en 1958 lanza su primer satélite, el Explorer I. El periodo de la historia entre 1957 y 1975 es nombrado “Carrera Espacial” debido a la interminable competencia de conocer el espacio entre el país americano y el ruso. En 1959 en Cuba se produce una revolución y Jack se queda sin maestra ya que The Boss le abandona sin más.
1960 a 1963 – The Boss es enviada al espacio para recoger datos sobre como el cuerpo humano hace frente en tales condiciones. En 1961 se forman los Boinas Verdes (5 Grupo de Fuerzas Especiales). Cuba vive momentos difíciles con la Invasión de Bahía de Cochinos (en la que The Boss está presente) y la “crisis de los misiles cubanos”. Entre 1961 y 62 The Boss tendrá que matar a The Sorrow, su amante.
En 1963 el 35 Presidente de los EEUU de América, John F. Kennedy es asesinado y el cargo pasa a manos de Johnson en 1964.
1964 – Un agente secreto norteamericano y Boina Verde llamado Jack (a partir de ahora Naked Snake) es enviado a territorio comunista ruso para intentar rescatar a Sokolov, científico inventor del Shagohod – un tanque nuclear capaz de moverse por varios territorios y apuntar a un objetivo con el fin de lanzar las tan temidas bombas nucleares- y capturado por The Boss, quién a partir de ahora trabajará para el Coronel Volgin traicionando así a los EEUU. Ante todo, esto es una misión de infiltración (Misión Virtuosa) de la que los enemigos no deben saber que Naked Snake está merodeando por su territorio pues esto causaría una gran crisis diplomática y muy posiblemente una tercera Guerra Mundial. Las relaciones entre estos dos países están al borde de romperse. Para realizar la Misión Virtuosa, Snake cuenta con la colaboración de Para-Medic, el Mayor Zero, Sigint y The Boss (aquí aún no sabían que les traicionaría). Finalmente esta misión es un desastre puesto que Volgin consigue disparar un misil nuclear en la planta OKB-754 y Sokolov aún lo tienen retenido.
Ese mismo año, en 1964 el gobierno norteamericano vuelve a la carga con una nueva misión, Snake Eater, con el mismo objetivo, sacar a Sokolov donde lo tienen retenido y llevarlo de vuelta a EEUU. Durante la misión, Snake tiene que matar a todos los miembros de la Unidad Cobra –vuelven todos excepto para cumplir la misión de Volgin, aunque la lucha contra The Sorrow resulte ser un poco surrealista-, incluso a su maestra The Boss, al Coronel Volgin, deshacerse del Shagohod y llevarse consigo a Sokolov y el Legado de los Filósofos. Snake no hubiera llegado tan lejos in la ayuda de Eva, persona de la cual Volgin tenía bastante confianza.
Como anécdota, aquí se conoce por primera vez al inventor del Metal Gear, el científico Granin, enemigo de Sokolov puesto que el Shagohod salió adelante y no su proyecto y por eso ayuda a Snake también en la aventura.
Snake Eater resulta ser todo un éxito, Jack consigue cumplir con sus o objetivos y pasa una romántica noche con Eva, pero sorpresa la suya cuando se despierta e Eva no está, pero le deja una nota. Ésta decía que era una espía del gobierno Chino y que le había robado el Legado de los Filósofos. Aún así, el Legado era falso y el verdadero lo tiene Ocelot que lo entrega al gobierno americano. Él era el auténtico espía infiltrado en el ejército de Volgin, Adam.
Jack recibe el título de Big Boss por el éxito obtenido y ser superior en el campo de batalla a The Boss.
1965 a 1969 – Frank Jaeger, comúnmente conocido como Gray Fox lucha contra Big Boss en territorio mozambiqueño. En 1968, Eva desaparece en la localidad de Hanoi, Taiwán, y un año más tarde, en los Estados Unidos de América, Nixon es elegido presidente.
1970 – 6 años después de Snake Eater, la unidad FOX se descontrola y rompe una alianza con la CIA y apuntan a Big Boss como principal sospechoso de este acto. Para demostrar su inocencia, el legendario soldado se desplaza hacia la Península de los Muertos, una base militar en Sudamérica en busca de los miembros de FOX que han protagonizado la revuelta.
Torturado por Cunningham, un ex agente de la CIA, intenta que Snake hable sobre donde se encuentra la otra mitad del Legado de los Filósofos, ya que EEUU poseía la mitad. Al no conseguir no Snake hablara (tampoco lo sabía), es encerrado en la celda contigua a la de un ex boina verde, Roy Campbell.
Campbell le cuenta a Snake que se localizan en la Península de San Hieronymo y que los enemigos han robado un arma nuclear a la propia CIA para lanzarla a varias ciudades rusas. Para que la tarea sea más fácil, Campbell convence a Snake que la mejor manera de contraatacar es que los enemigos se alíen con ellos y también le informa de que la cabeza pensante de toda esta trama es un tal Gene.
Después, Snake se dirige hacia el helipuerto y ahí divisa a Cunningham, el comandante de la base y una chica de pelo rubio que al parecer posee poderes psíquicos ya que advierte a su comandante de que algo va a ocurrir. Poco después, una viga de unas obras cercanas cae justamente al lado de Cunningham. Parecía que leyese el futuro.
Ahora Snake debe dirigirse al mismo lugar donde consiguió unas medicinas para Campbell debido a una malaria para buscar el “culture tank” que mencionó Cunningham a su comandante en el helipuerto. Allí se tropieza con Elisa que avisa a Snake que el enemigo se acerca, éste se esconde y cuando pasa el peligro Elisa le dice que posee poderes psíquicos aunque inferiores a los de su hermana Úrsula (la chica del helipuerto).
En esa misma habitación, Snake se fija en una cápsula con un cuerpo dentro y Elisa le explica que se trata de NULL, un experimento de soldado perfecto con habilidades inalcanzables para ser humanos.
Tras encontrarse más adelante con Phyton, un antiguo compañero, ve como se ha pasado al bando contrario y lucha contra él, venciendo Snake. Pero la cosa no acaba ahí, cuando nuestro héroe llega al Silo Complex, NULL está preparado para la batalla. El soldado perfecto se queda anonadado porque Snake no cae en combate, y Cunningham se presenta en la sala.
Ordena a NULL que guarde su espada porque él se encargará de Snake, no sin antes éste último recibir un golpe con la espada y quedarse sin consciencia.
Snake despierta maniatado en una silla, Cunningham abandona el recinto y Gene se dirige hacia él para empezar un discurso. Lo más destacable es como la propia CIA fue la encargada de entregar a Rusia el Metal Gear simplemente para alargar más aún la agonía de la Guerra Fría. Que la propia unidad FOX era la que hurtaría el Metal Gear para dárselo a los comunistas y de paso aliarse con ellos, dejando a la CIA al margen de esto, como si no tuvieran nada que ver. Después de esto, Snake se localiza en una celda medio desnudo pensando que ese sería su final, pero Elisa se presenta en ella y mediante poderes mentales se conecta con la mente de Snake para hablar y le dice que pronto su mal suerte cambiará. Y no se equivocaba, consigue escapar junto con Elisa y otros soldados hacia donde se haya Metal Gear, que está en fase de preparativos para ser usado.
Una vez en Plant, recinto donde está Metal Gear, Snake y los demás soldados empiezan a colocar TNT para exterminar la máquina pero de repente oyen ruidos y la peor situación se cumple, una emboscada por parte de Gene. Cuando Snake ya no sabía qué hacer ya que los enemigos estaban apuntándoles, oyen algo, nada más y nada menos que el Metal Gear se estaba moviendo, pilotado por el coronel Sworonsky que consigue matar a unos cuantos soldados con la metralleta pero Metal Gear deja de funcionar rápidamente. Snake aprovecha ese lapsus para apuntar a Gene en la cabeza (al parecer ya no era ese comandante perfecto del que alardeaba) pero tenía un as escondido. Gene gritó a los cuatro vientos que Úrsula hiciera aparición, y a Elisa le empezaron a entrar dolores de cabeza, gritando, hasta que su voz cambió radicalmente. Metal Gear de por sí era inútil, pero gracias a los grandes poderes de Úrsula se volvía funcional al 100%. Por esto, Snake lucha contra el Metal Gear, al que acaba venciendo y matando a las dos hermanas en mente, pero una sola persona física, Elisa. Pero Gene le comunica que lo acababa de perder no era más que un prototipo de Metal Gear, el RAXA, el otro estaba siendo preparado para su lanzamiento.
Dispuesto a seguir su lucha, Cunningham se entromete y desafía a Snake, el cual deja el aparato volador del enemigo casi destrozado. Cunningham quería volar todo aquel maldito sitio por los aires, tan solo debía presionar un botón, pero en ese instante, lo que estalló no fue el artefacto, sino el dispositivo volador que llevaba, matándolo.
Más adelante, Snake se encuentra cara a cara con Gene que le cuenta que en realidad ha usado la órdenes de la CIA y el Pentágono en su propio beneficio, ya que una vez en posesión del Metal Gear, éste no bombardearía Rusia si no la ciudad donde se encuentran las organizaciones estadounidenses mencionadas con anterioridad, Virginia y los Patriots ya no tendrían ese poder, creando Gene a su vez un estado poderoso militarmente llamado Army’s Heaven. Una vez dada por sentada la charla, Gene se dispone a activar Metal Gear pero los paneles estallan. No se lo podía creer, pero es que Elisa aún no había muerto, con sus poderes pudo hacerlo. No había muerto pero seguidamente Gene le estacaba un cuchillo en su pecho. Una herida mortal. Tras esto, el enemigo escapa a otra sala para activar Metal Gear.
Cuando Snake llega donde Gene, Metal Gear ya está activado y no hay vuelta atrás, por lo que lucha contra éste, y sale victorioso. Nuestro protagonista llama a Sokolov para que le ayude a cancelar la activación, le da las instrucciones y tanto Snake como otros soldados disparan sin descanso a una parte misil que finalmente, tras un pequeño despegue, se desvía de su trayectoria.
La aventura termina con un Big Boss recompensado por su exitosa misión y NULL (Gray Fox) que a partir de esta experiencia no volverá a ser igual.
1971 a 1994 – Big Boss funda FOX-HOUND en 1971. Un año más tarde se somete al proyecto “Les Enfants Terribles” donde nacerás los futuros Solid, Liquid y Solidus Snake. En realidad eran 8 hermanos pero al final solo quedan 3.
Gray Fox, en 1980 asesina a un matrimonio pero adopta a la hija, Naomi, que en el futuro será la famosa Naomi Hunter que ayuda al propio Snake. Ésta ve a Fox como un hermano mayor pero no sabe que él asesinó a sus padres. Ese mismo año, Solidus mata a los padres de Raiden, un niño con cualidades excelentes en el campo de batalla y lo recluta para su ejército.
En 1986, Natasha Romanenko se propone que el mundo no tenga armas nucleares ya que debido a ellas su familia se ve gravemente afectada. Es otra de las personas que ayudan a Solid Snake en Shadow Moses. 4 años después, Natasha pierde a sus padres y viaja a EEUU.
Por último, Gray Fox se une a FOX-HOUND.
1995 – Los Patriots, los auténticos líderes del mundo entero, ante la amenaza que suponía Outer Heaven, una nación-fortaleza localizada en las profundidades de Sudáfrica, ya que se convertiría en una potencia capaz de competir con los países del mundo occidental, tanto militar como económicamente, el comandante jefe de FOX-HOUND, Big Boss, decide enviar a su mejor soldado, Gray Fox.
Fox fracasa en su intento de hundir Outer Heaven y a su vez es capturado, por ello, Big Boss decide enviar a un segundo hombre, Solid Snake, que debe rescatar a Gray Fox y terminar la misión que éste empezó.
Una vez infiltrado en la nación-fortaleza y tras aliarse con la Resistencia (grupo opositora los terroristas) con miembros tales como Jennifer, Diane, y Kyle Schneider, Snake consigue llegar hasta donde está Gray Fox (eliminando antes a Shotmaker), el cual le cuenta que en realidad Metal Gear es una máquina bípeda capaz de lanzar misiles nucleares desde cualquier parte del planeta, un arma temida por las demás naciones ya que gracias a este Metal Gear TX-55 Outer Heaven podría obtener la superioridad militar.
Snake debía de encontrar ahora al ingeniero que fue capaz de desarrollar tal monstruosidad, y el nombre de dicho científico era Dr. Drago Pettrovich Madnar. El punto débil del Metal Gear eran sus dos patas.
Siguiendo adelante en la peligrosa Outer Heaven, y tras derrotar a miembros de élite como Shotmaket (ya mencionado anteriormente), Machinegun Kid, Fire Trooper, Bloody Brad o Dirty Duck, Snake, aunque medio herido, consigue llegar hasta donde se encuentra el famoso Metal Gear TX-55 y lo destruye. En su huída, se topa con Big Boss, que le revela que además de ser el comandante de FOX-HOUND, él es el líder de Outer Heaven y que nunca pensó que un novato como Snake pudiese llegar tan lejos. Así que Big Boss activa en ese instante un dispositivo de autodestrucción de la base, y empieza una dura lucha entre él y Solid Snake. El “novato” consiguió acabar con Big Boss y escapó de Outer Heaven, que desde la lejanía ardía en llamas. Campbell a partir de aquí se convertirá en coronel de FOX-HOUND. Pero esta no sería la última vez que Snake verá a Gray Fox y Big Boss.
1999 – Todo el mundo vivía una gran crisis económica de la energía, una angustia debido al altísimo precio del petróleo y cada vez escaseaba más. Un científico llamado Dr. Kio Marv inventó el OILIX, capaz de producir petróleo purificado a partir de unas algas y con un bajo coste económico. Kio Marv fue secuestrado y detrás de esto estaba Zanzíbar Land, que además de tener al científico en sus manos, también disponía de armamento nuclear y así poder controlar el mercado del crudo.
El coronel Campbell no dudó ni un instante de que si alguien podía rescatar al científico de Zanzíbar era Solid Snake, miembro de FOX-HOUND. Una vez infiltrado en esa especie de nación-fortaleza, dos serán las personas que ayudarán a Snake en su aventura, Holly White y Nathasa Marcova. También se encuentra con el Dr. Drago Pettrovich Madnar, creador del Metal Gear TX-55 en Outer Heaven unos años atrás y que ha sido capturado para crear otro tipo de Metal Gear, apodado Metal Gear D, además de contarle que Big Boss, anterior comandante de FOX-HOUND, el cual cayó ante el propio Snake en Outer Heaven era en realidad el comandante general de Zanzíbar Land.
Mientras Pettrovich, Snake y Natasha escapaban del recinto, aparece un Metal Gear pilotado por Gray Fox (antiguo compañero de Snake) que mata a la chica y el enemigo recupera al doctor. Cuando Snake consigue llegar hasta donde se ubica Pettrovich ya era demasiado tarde, había fallecido. Entonces el espía recoge un cartucho con la fórmula secreta del OILIX, a su vez, recibe una llamada de Holly White quien le explica que en realidad el hombre que tenía delante muerto no había sido capturado, si no que todo lo hizo bajo su propia voluntad. Cuando menos se lo espera, Snake es atacado por el propio Pettrovich pero con un resultado fallido, y Snake le vence.
Ahora tan solo quedaba escapar de allí, no sin antes enfrentarse a Gray Fox montado en el Metal Gear D. Una vez ganado este asalto, Fox no se da por vencido y lucha contra Snake en un campo lleno de minas, sin armas, solo los puños. Snake finalmente acaba con la vida de Gray Fox.
Bis Boss era el último obstáculo que superar, y Snake no decepciona, esta vez mata a Big Boss no sin antes descubrir que mataba a su propio padre. La misión salió con éxito, Snake y Holly escapan de Zanzíbar Land con los datos del OILIX, que luego entregan a Campbell. Y hasta aquí llegó la tarea de Snake, que se retiró a la fría Alaska hasta su próxima misión, Shadow Moses, 6 años después.
2005 – En las frías tierras de Alaska un grupo de soldados de élite llamado FOX-HOUND se hace con el poder de la planta de Shadow Moses a petición del propio presidente de los EEUU George Sears ya que en ella se encuentra nada más y nada menos que Metal Gear Rex. Para activar los códigos de detonación 2 eran necesarios para hacerlo, uno está en la cabeza Donald Anderson (jefe DARPA) y otro en la de Kenneth Baker (presidente de ArmsTech Inc.).
Entra en escena Pshyco Mantis, un curioso personaje capaz de leer las mentes de las personas, pero con Anderson lo consiguen -también con Baker pero gracias a Revolver Ocelot-. A manos de Ocelot, Anderson es asesinado. Los terroristas ya poseían los 2 códigos de detonación del arma.
Solid Snake necesitaba encontrarse con Anderson para saber un código, pero éste ya fallecido, Decoy Octopus –maestro del disfraz- se encarga de hacerse pasar por él. Cuando se ven ambos en la celda de Anderson (Octopus), el Jefe DARPA le dice que hay otra manera de desactivar a Rex con la ayuda de las tarjetas PAL –en total 3-. A Anderson le da un ataque al corazón y también muere quedándose Snake tremendamente extrañado. Liquid entonces aprovecha para pasarse por Master Miller (quien en realidad ya lo han asesinado) y guiar a Snake y Meryl hacia él.
Snake encuentra a Baker más tarde en una sala llena de C4 y Revolver Ocelot le reta a una lucha, Snake le vence pero Ocelot no se da por vencido. De repente un traje óptico irrumpe en la sala y le corta el brazo al pistolero. Resulta ser Gray Fox, un antiguo compañero de Snake el cual se daba por muerto pero parece ser que vive gracias a una especie de exoesqueleto. Ocelot sale corriendo, el ninja desaparece y Snake habla con Baker sobre la existencia de Metal Gear Rex, le da un disco con toda la información, pero de repente, Baker también muere al parecer de otro ataque al corazón.
Snake, junto con la ayuda de Meryl, se acerca cada vez más a Liquid y Metal Gear Rex, por el camino eliminará a Pshyco Mantis y más tarde se encontrará con el mejor tirador de FOX-HOUND, Sniper Wolf. Esta mujer le tiende una trampa a Snake usando a Maryl como cebo y al final cae en manos de Liquid Snake. Le roban todo el equipamiento, el disco de Baker incluido y Ocelot le prepara para la tortura. Si se resiste, Meryl morirá, si se rinde, Meryl sobrevivirá, aunque no se sabrá nada de Otacon -en MGS4 aparecen ambos personajes-. Gracias a la ayuda de Otacon, Snake escapa de la celda y sigue su camino, eliminando definitivamente a Sniper Wolf y también a Raven. El científico descubre en realidad el truco de las tres llaves para desactivar Metal Gear Rex, o eso es lo que pensaba Snake, en realidad lo activan y Liquid aprovecha esta situación para montarse en él. Tras una batalla épica entre Snake y Rex, éste primero sale victorioso, pero con un amigo menos, porque Gray Fox –el ninja- da su vida para salvar la de Snake.
Destruido el Metal Gear, Liquid y Snake luchan cara a cara en la cabeza de la máquina y Meryl como rehén. Snake vence a Liquid y junto con la chica escapan de Shadow Moses, pero Liquid no se rinde y les persigue en jeep. Cuando llegan a la salida ambos vehículos vuelcan, aún así, Liquid se levanta para matar a Snake pero de repente otro ataque al corazón, y el hermano de Snake cae muerto al suelo. Estos ataques son debidos al virus FOX-DIE, que tanto Snake como Liquid tienen en su cuerpo. Solid no sabe cuándo llegará su momento de morir.
Finalmente, una conversación entre el presidente George Sears y Revolver Ocelot destapa la verdadera trama detrás de Shadow Moses. George Sears es en realidad el tercer clon de Big Boss, Solidus Snake, el cual quiere escapar del control que tienen sobre él los Patriots (antiguos Filósofos). Para ello consigue gracias a Ocelot la información necesaria para producir Metal Gear’s en masa. James Johnson será el sustituto de Solidus Snake en la presidencia de la potencia mundial, un personaje más manejable para los Patriots.
Además de los intereses de Solidus, Liquid también tenía los suyos propios por la operación de Shadow Moses. Con la posesión del temible Metal Gear Rex, quería los restos de Big Boss y 1000 millones de dólares. Vengarse de Solid por matar a Big Boss –padre de los 3 clones- era otro de los objetivos, ya que pensaba que él era el que poseía los genes recesivos de Padre, y que por tanto Snake era superior . En realidad no era así, Solid Snake era el peor de los 3 clones, el que tenía los peores genes del soldado legendario.
2006 – Un año después de lo ocurrido en Shadow Moses, Ocelot sigue vivo y con un nuevo brazo, el de Liquid Snake.
Además, Natasha Romanenko –ayudó a Snake en la anterior misión y es especialista en armas nucleares- y Otacon fundan una organización llamada Phylantrophy, con el principal objetivo de acabar con todo aquel que quiera construir Metal Gear’s. Solid Snake es reclutado para combatir por su causa.
2007 – Por una parte, Raiden y Rose (espía de los Patriots y embarazada de Raiden al parecer) se conocen por primera vez y surge más que una relación de amistad y Solidus Snake maquina su venganza contra los Patriots. Por otra, la misión de Phylantrophy es infiltrar a Solid Snake en el pretrolero U.S.S. Discovery que al parecer transporta un nuevo prototipo de Metal Gear. Tras llegar a la sala donde el ejército de los EEUU tiene a Metal Gear Ray, no sin antes vencer –pero no matar- a Olga Gurlukovich, la cual está embarazada de una niña, Sunny Gurlukovich. Otacon contacta con Snake para que éste haga unas cuantas fotos de la bestia y se las envíe al científico para esparcirlas por todo Internet.
De repente en la sala irrumpe un ejército ruso liderado por Sergei Gurlukovich –padre de Olga- junto con su aliado, Ocelot. Éste último asesina al propio Sergei Gurlukovich y a Scott Dolph –comandante marine-, se apodera del Metal Gear Ray y hunde el petrolero. La corporación Phylantrophy pasa a la clandestinidad porque se le acusa del hundimiento del barco y se finge la muerte de Snake.
2008 – Big Shell, una planta depuradora, es invadida por un grupo llamado Sons of Liberty compuesto por Fortune, Vamp, Fatman y Solidus Snake y que exige al gobierno americano 30 billones de dólares a cambio de no destruir tal planta depuradora. Entre los rehenes está el presidente James Johnson.
2009 – Un experto en misiones virtuales, un personaje reclutado por los propios Patriots, experta en el manejo de armas y habilidades corporales es enviada a Big Shell para rescatar a los rehenes, en especial a James Johnson y eliminar a los terroristas. Su nombre en clave era Snake, pero al comenzar la misión el coronel Campbell se lo cambia por el de Raiden. Campbell y una analista, Rosamary (novia de Raiden) son los que se encargan de apoyar al joven espía en su aventura.
Nada más empezar y tras ver el asesinato de la unidad SEAL (unidad para rescatar a los rehenes y de la cual Raiden no sabía nada) por parte de Vamp y Fortune, Raiden se encuentra con un soldado llamado Pliskin que luchaba también contra el vampiro en una sala. Raiden le ayuda, Vamp escapa y Pliskin revela su verdadera identidad quitándose el pasamontañas. Un aparente soldado más era en realidad el legendario Solid Snake. Tras una pequeña charla, nuestro protagonista sigue su curso.
Divisa a Olga Gurlokovich hablando por radio sobre la presencia de un ninja (como Gray Fox al parecer) e intenta luchar contra ella pero escapa. Un poco más adelante encuentra a Peter Stillman, un experto en explosivos y avisa a Raiden sobre la presencia de bombas en una parte de la planta depuradora, Snake y Raiden las desactivan pero en realidad activan otra bomba que hace saltar por los aires el soporte H donde Stillman estaba ubicado.
Nuestro espía rubio luego se encuentra con Fortune a la cual no puede vencer puesto que todas las balas que van hacia ella se desvían. Llega Vamp a la sala y en una de las balas que no golpean a Fortune lo hace entre los dos ojos al extraño personaje. Raiden abandona la sala y Vamp de repente abre los ojos, sigue vivo, parece inmortal. Tras esto, Fatman es el siguiente objetivo a eliminar. Alumno de Stillman y un poco desequilibrado mentalmente, parece que supere a su maestro en lo que a explosivos se refiere. Raiden finalmente acaba con su vida desactivando la última bomba que poseía Fatman en su grueso cadáver.
Mr X, el famoso ninja que Olga estaba buscando, se le aparece a Raiden y le dice que tiene que buscar a Richard Ames, Jefe de Seguridad del Presidente, además de que los terroristas poseen armas nucleares y un nuevo tipo de Metal Gear. De repente, Mr X desaparece no sin antes dejarle un uniforme de soldado.
Raiden consigue infiltrarse en la sala donde tienen a los rehenes y localiza a Ames, el cual le cuenta las verdaderas intenciones de los terroristas, convertir Manhattan en una república los cuales los ellos son los que mandan. Además, la maleta del presidente es en realidad la llave para activar Metal Gear, si el presidente muere, Metal Gear no podrá ser activado. Para más inri, el accidente del petrolero fue intencionado y Big Shell se construyó no con un fin para mejorar el medio ambiente, si no para albergar a Metal Gear. Ocelot y los suyos pillan a Raiden y Ames hablando, éste último muere a causa de un ataque al corazón y el primero escapa gracias a la ayuda de Mr X.
Más adelante, Raiden junto con la ayuda de Snake se enfrenta al Harrier de Solidus Snake y una vez derribado, Solidus cae al mar pero de repente sale del agua Metal Gear Ray con Vamp al volante para salvarlo. Al final, Raiden puede reunirse con Johnson, el presidente, que harto de ser una marioneta de los Patriots ha introducido el código de activación a propósito, ya que éstos son los que en realidad gobiernan EEUU. Continúa contándole que Big Shell es en realidad una tapadera para construir Metal Gear’s Ray en masa, más conocida como Arsenal Gear. Junto con los Metal Gear’s, se ha desarrollado un sistema capaz de ejercer control total sobre la sociedad, un sistema artificial conocido como GW (George Washington). El presidente le da un Disco MO para volver inofensivo a GW (disco que a su vez también preserva los datos del sistema) y le comunica que la única persona capaz de infectar dicho software es Emma Emmerich (hermana de Otacon) y que debe encontrarla. Johnson le pide a Raiden que lo mate, él se niega y Ocelot aparece para acabar con la vida del presidente.
Raiden, más tarde lucha contra Vamp y lo vence (o eso creía él), logra reunirse con Emma que a su vez se reúne con Otacon y Snake. Tras esto, Emma es herida mortalmente por Vamp pero Snake consigue introducir el virus en el software GW, no se consigue infectar al sistema por lo que el sacrificio de Emma fue en vano. A partir de aquí, Snake y Raiden van directos a Arsenal Gear y Otacon se encarga de rescatar a los rehenes aún con vida. Por el camino, Mr X se reúne con Snake y destapa su verdadera identidad, Olga Gurlokovich, y ésta deja sin sentido a Raiden.
El joven despierta en una cámara de tortura donde Ocelot y Solidus están presentes y el tercer clon de Big Boss rememora el pasado de Raiden, más bien conocido por Jack el Destripador cuando estuvo de niño-soldado en las guerras africanas y según Solidus, era su padrino. Una vez Ocelot y Solidus abandonan la sala, se presenta Olga y le explica a Raiden que han aprovechado su captura para acceder a Arsenal Gear. Ella está obligada a que Raiden cumpla sus objetivos porque si no los Patriots se quedarán con su hija Sunny.
Raiden escapa del recinto como Dios lo trajo al mundo pero no hacía más que recibir llamadas del coronel y Rose, unas conversaciones cada vez más extrañas. Otacon se encarga de decirle que en realidad ha estado hablando no con las personas de carne y hueso, si no con la inteligencia artificial del sistema GW, basada en experiencias y esperanzas de la mente de Raiden.
Snake y Raiden luchan contra soldados hasta que Fortune entra en escena, entonces Raiden se marcha dejando a la leyenda combatiendo frente a Fortune. Raiden se enfrenta a un sin fin de Metal Gear’s, al final, agotado, no puede más y se rinde y Solidus aprovecha la ocasión para machacarlo, pero Olga se mete por el medio y ella es la asesinada.
Solidus ahora es cuando cuenta sus verdaderos objetivos. Él lo que quiere es obtener los nombres de los Patriots. En ese instante, Fortune aparece llevando a Snake a hombros y lo deja en tierra. También aparece Ocelot, que cuenta que él es un agente de los Patriots y explicar a Fortune el por qué las balas se desvían cuando le disparan. Fortune estalla y empieza a disparar a Ocelot el cual también lleva incorporado un dispositivo que evita que las balas le dañen. Una vez desactivado el dispositivo de Fortune, Ocelot mata a ésta y se apodera de Metal Gear Ray. Una vez subido al Ray, Liquid se apodera del cuerpo y mente de Ocelot y usará la bestia para destruir a los propios Patriots. Snake sigue a Liquid Ocelot en su escapada de Arsenal Gear dejando a Solidus y Raiden frente a frente. Campbell contacta con Raiden para decirle que los Patriots en realidad han desarrollado un sistema, no para hacer una especie de simulacro de Snake, sino más bien para controlar de forma completa la conducta humana. Este sistema es conocido por el nombre de S3. Y por si fuera poco, Otacon tiene el disco MO con los datos de los 12 miembros que componen los Patriots, uno de ellos es incluso el patrocinado más importante de Philanthropy. Y si todavía faltaba algo más para volver más complicado el saber los nombres de los Patriots, es que todos ellos murieron hace más de 100 años. En sí, los Patriots no son humanos, es una especie de consciencia, de pensamiento de la Casa Blanca y que han llevado a cabo este sistema S3 para manipular a su antojo las experiencias humanas.
Finalmente, Solidus y Raiden se enfrentan a vida o muerte y el primero cae en combate. Snake se reúne con Raiden, luego lo deja solo y Rosemary aparece. Un final absolutamente desconcertante.
2014 – Unos años después de lo ocurrido en Manhattan, un Solid Snake más viejo que de costumbre debido a los genes recesivos de Big Boss es enviado a su última misión.
El mundo está metido en un caos total donde la guerra es el motor de la economía mundial y Liquid Ocelot es quien intentará dominar esta guerra a partir del control de los soldados mediante las nanomáquinas que tienen implantadas. Su objetivo, formar un nuevo Outer Heaven, con el dinero suficiente para mantenerlo y con la posesión de armas nucleares.
Solid Snake desembarcará en territorio enemigo y junto con la ayuda del coronel Campbell, Otacon, entre otros, intentará terminar su última misión con éxito, pero siempre preparado para cualquier giro imprevisto en su aventura, posibles traiciones, deshacerse de los enemigos más fuertes, etc. Una última misión que no debe fracasar.